8 декабря 2005 года подписан Закон Республики Саха (Якутия) № 613-III «О попечительской деятельности в Республике Саха (Якутия)». На основании официального письма Министерства культуры и духовного развития Республики Саха (Якутия) «Разъяснения по попечительским советам» от 6 апреля 2012 года № 11-1253 подписан приказ директора ГБУ РС(Я) «Музей и Центр хомуса народов мира» Н.С. Шишигина от 6 ноября 2012 года «О создании Попечительского совета МХНМ». Председателем Попечительского совета избран вице-президент Республики Саха (Якутия) Д.Е. Глушко. С 2017 года председателем Попечительского совета стал мэр городского округа «Город Якутск» Айсен Сергеевич Николаев. С 2018 года по сегодняшний день председателем является министр культуры и духовного развития Республики Саха (Якутия) Юрий Степанович Куприянов.